Het is belangrijk te bedenken dat er twee verschillende soorten configuraties op een Debian-systeem voorkomen. Systeemomvattende configuratie beïnvloedt alle gebruikers. Systeemomvattende instellingen worden in de directory /etc aangemaakt. Je kunt hier bijvoorbeeld configureren hoe het systeem een verbinding tot stand brengt met het internet; of dat webbrowsers op het systeem altijd beginnen op de homepage van het bedrijf. Aangezien je deze instellingen voor alle gebruikers wilt laten gelden, maak je de wijzigingen in /etc. Voorbeelden van configuratiebestanden in /etc zijn onder andere /etc/X11/XF86Config, /etc/lynx.cfg, en /etc/ppp/options. In feite zijn bijna alle bestanden in /etc configuratiebestanden.
Normaal gesproken moet je root zijn om instellingen voor het gehele systeem te wijzigen.
Gebruikersconfiguratie is alleen van invloed op een enkele gebruiker. Voor de gebruikersconfiguratie worden dotfiles gebruikt. In het bestand ~/.newsrc wordt bijvoorbeeld een lijst bewaard met de Usenet (discussiegroep) artikelen die je hebt gelezen, en op welke groepen je bent geabonneerd. Hierdoor is het mogelijk dat newsreaders zoals trn of Netscape ongelezen artikelen weergeven in de groepen waarin je bent geïnteresseerd. Deze informatie zal voor iedere gebruiker op het systeem anders zijn, dus iedere gebruiker heeft in zijn home-directory zijn eigen .newsrc bestand.