Als je ls typt, worden bestanden beginnend met een punt niet weergegeven. Volgens traditie beginnen bestanden met configuratie-informatie, gebruikersvoorkeuren, enzovoort, met een punt (in de tekst die hierop volgt, wordt voor de engelse benaming 'dotfiles' gekozen); deze bestanden zijn tijdens je dagelijkse werk verborgen en uit het zicht. Voorbeelden van dotfiles zijn ~/.emacs, ~/.newsrc, ~/.bashrc, ~/.xsession, ~/.fvwmrc, enz... Deze bestanden worden respectievelijk gebruikt door Emacs, newsreaders, de Bash-shell, het X Window Systeem, en de fvwm window manager. Het is gebruikelijk de naam van een dotfile te laten eindigen op rc, maar een aantal programma's doet dit niet. Er zijn tevens directory's die met een punt beginnen, zoals ~/.gimp en ~/.netscape, waarin voorkeuren voor de Gimp en Netscape zijn opgeslagen.
Soms zal een programma automatisch een dotfile aanmaken; Netscape staat je bijvoorbeeld toe je voorkeuren via een grafische dialoog te wijzigen en slaat vervolgens je keuzes op. Andere keren zal je ze zelf met een teksteditor aan moeten maken; dit is de traditionele manier om het te doen, maar je moet het specifieke formaat van ieder bestand leren --- in het begin niet zo comfortabel, maar het kan je heel veel kracht geven.
Om dotfiles te kunnen zien, moet je met ls de optie -a gebruiken. De lange vorm van -a is --all, voor als je dat eenvoudiger vindt om te onthouden. Je kunt ook de -A of --almost-all gebruiken, waarbij alle dotfiles worden opgenomen, behalve de . en .. --- onthoud dat . de huidige directory is en dat .. de ouder is van de huidige directory; aangezien het gegarandeerd is dat deze zich in iedere directory bevinden, is er geen echte reden om ze met ls weer te geven. Je weet al dat ze er zijn.