Waarschijnlijk is het een goed idee wat theorie uit te leggen voordat we het mechanisme van het gebruik van disks gaan bespreken. In het bijzonder het concept bestandssysteem. Dit is verwarrend omdat het verscheidene betekenissen heeft.
Het bestandssysteem verwijst naar de gehele directory-structuur, te beginnen met de root-directory /, zoals hiervoor is beschreven.
Een "bestandssysteem" betekent in het algemeen iedere organisatie van bestanden en directory's op een bepaald fysiek device. "Organisatie" betekent de hiërarchische directory-structuur, en iedere andere informatie over bestanden die men bij zou kunnen houden: de grootte, wie permissie heeft ze te wijzigen, enz. Dus je zou één bestandssysteem op je harddisk kunnen hebben, en een ander op iedere diskette.
"Bestandssysteem" wordt ook gebruikt in de betekenis van een type bestandssysteem. MS-DOS en Windows 3.1 organiseren bestanden bijvoorbeeld op een bepaalde manier, met bepaalde regels: bestandsnamen kunnen bijvoorbeeld uit slechts 8 tekens bestaan, en er wordt geen informatie over permissies opgeslagen. Linux noemt dit het msdos bestandssysteem. Linux heeft ook zijn eigen bestandssysteem, genaamd het ext2 bestandssysteem (versie twee van het ext bestandssysteem). Je zal het ext2 bestandssysteem zo'n beetje continue gebruiken, tenzij je bestanden vanuit een ander besturingssysteem benadert of andere speciale vereisten hebt.
Op ieder fysiek device dat je voor het opslaan van bestanden wenst te gebruiken moet op z'n minst een bestandssysteem voorkomen. Dit betekent een bestandssysteem in de tweede betekenis - een hiërarchie van bestanden en directory's, samen met informatie hierover. Natuurlijk heeft ieder bestandssysteem een type, dus de derde betekenis zal bovendien ook in 't spel zijn. Als je meer dan één bestandssysteem op een enkel device hebt, kan ieder bestandssysteem van een ander type zijn --- wellicht dat je zowel een DOS-partitie als een Linux-partitie op je harddisk hebt.
Het is belangrijk onderscheid te maken tussen het bestandssysteem en de low-level formattering van de disk. In de wereld van DOS en Macintosh wordt het bestandssysteem een high-level format genoemd. Wanneer je onder één van deze besturingssystemen een disk formatteert, pas je gewoonlijk zowel een low-level format toe als dat je er een bestandssysteem (high-level format) op aanmaakt. Onder GNU en Unix-systemen, heeft men het gewoonlijk over gewoon "formatteren" in de betekenis van een low-level format, en "het maken van een bestandssysteeem" met als betekenis high-level format.
Formattering heeft te maken met de bijzonderheden van een bepaald fysiek device, zoals de exacte fysieke lokatie van je gegevens op een diskette (bijvoorbeeld aan de rand of dichtbij het midden van de disk). Het bestandssysteem is het niveau aan organisatie waar je je druk om moet maken --- namen van directory's en bestanden, hun groottes, enz.